La construction de l’église St Omer a été supervisée par l’abbé Sergent et l’abbé Saint Maxent curés de Nouvelle-Eglise. Ce dernier a pris ses fonctions de curé de Saint-Omer-Capelle le 7 Juillet 1882. Si l’on en croit les documents et factures de l’époque, la construction de l’église et du presbytère date de 1882. Les briques ainsi que les tuiles proviennent de la briqueterie de Saint Folquin. On dit que beaucoup dans le village s’étaient mobilisés pour amener les briques en tombereau. Jusqu’à la tornade de 1998, il y avait un clocher ressemblant à celui de Guemps.
Le vitrail au centre du chœur représente St Omer, le saint patron de l’église. Les douze vitraux dans l’église ont été offerts par M et Madame GUILBERT MABILLE, mais on trouve à d’autres endroits leurs initiales, notamment dans l’escalier.

La chaire en bois polychrome représente St Omer recevant d’Aldroald le domaine de Sithiu, ainsi que le Christ tenant un livre et le montrant à ses disciples. Au dessus se trouve le symbole de l’esprit Saint.

Le chemin de croix a été installé en mars 1885 et fût béni le jour des rameaux de la même année (ainsi que Notre Dame des douleurs, Saint Jean et Jésus en Croix, se situant au dessus du confessionnal) Le chemin de croix, en quatorze tableaux, représente la Sainte Cène de la Passion du Christ que l’on rappelle chaque vendredi saint.

Le confessionnal, en bois polychrome, représente Jésus le bon Berger. Il est composé de 2 côtés où les fidèles se mettaient à genoux et le prêtre au centre. Ainsi chacun pouvait confier en toute intimité ce qu’il devait dire. Le prêtre étant caché, cela aidait à se faire oublier pour rappeler que c’est à Jésus que l’on confie ses pêchés et non au prêtre.

Cet autel en bois a été fait après Vatican II, car avant le prêtre était tourné vers le grand autel pour célébrer la messe, mais à partir de 1962, il se tourne vers l’assemblée.

La fondation de la paroisse, au début du XIIème siècle, est liée à l’abbaye Notre Dame de la Chapelle fondée par Ide, comtesse de Boulogne et mère de Godefroy de Bouillon. Cette fondation s’effectue dans le contexte de l’assèchement des terres environnantes. Au XIIIème siècle, le village s’appelait sanctomeréglise (église de St Omer). Les Anglais s’emparèrent du territoire au XIVème siècle. L’église paroissiale fut entièrement rasée pendant la Révolution française. Elle ne se trouvait pas à l’emplacement actuel de l’église mais vers Vieille Eglise au lieu-dit « la barrière de France ». Une croix subsiste à cet endroit. Il ne reste de l’ancienne église (détruite à la Révolution) que le fond baptismal en pierre qui est dehors juste à gauche en entrant par la grille.

St Omer (aussi connu sous le nom d’Audomar) a vécu de 600 à 670. Il fut nommé évêque de Thérouanne par le roi Dagobert Ier et fonda l'abbaye Saint-Bertin. Audomar avait pour mission de résider dans son diocèse, de célébrer les grandes fêtes pastorales et de prêcher auprès des populations. Omer est invoqué pour les troubles de la vue. Il aurait d'après la tradition orale, perdu la vue à la fin de sa vie.